Nos 26 episódios desta 2ª temporada o Batman do Futuro passa por alguns de seus maiores desafios, como supercomputadores conscientes, híbridos de humanos e animais, um campo de concentração para jovens desajustados, um vilão capaz de atravessar paredes, um super caçador, e até mesmo uma ameaça capaz de provocar terremotos. Além destes, temos a volta de alguns antigos adversários, como Spellbinder e o Grito, e a origem secreta de Ace, o Batcão.