X-Men A Serie Animada Conta a Historia dos mutantes, humanos que, como resultado de um súbito salto evolucionário, nasceram com habilidades super-humanas latentes, que geralmente se manifestam na puberdade. Consequentemente, em suas histórias, vários homens comuns têm um intenso medo e/ou desconfiança dos mutantes (cientificamente chamados de Homo superior), que são vistos pelos cientistas em geral como o novo degrau da evolução humana. Logo, muitos os consideram uma ameaça à própria sociedade humana. Tensão esta exarcebada por mutantes que usam seus poderes para fins criminosos.