A história é uma prequela para o jogo Assassin's Creed II. É centrado em Giovanni Auditore, o pai do personagem principal do jogo, Ezio Auditore da Firenze.Giovanni é um assassino que vive na Itália do século XV, durante a Renascença. No começo dessa nova era, a conspiração está sendo traçada por uma família corrupta para derrubar a poderosa família Medici e destruir uma Itália unificada. Como um assassino, Giovanni tem de enfrentar essa ameaça e levar os culpados à justiça. A história introduz a situação antes de Assassin's Creed II, e os inimigos de Giovanni e Ezio.