Quatorze anos depois de derrotar o guerreiro imortal Himuro Genma e frustrar o Shogun de planos malignos do Trevas, Kibagami Jubei continua a vagar por todo o Japão como um espadachim sem mestre. Durante sua jornada, ele conhece Shigure, uma sacerdotisa que nunca viu o mundo fora de sua aldeia. Mas, quando um grupo de demônios destrói a vila e mata todos, Jubei torna-se o principal alvo depois de adquirir o Dragão Jewel, uma pedra com uma origem desconhecida. Enquanto isso, Shigure, juntamente com o monge Dakuan e um jovem ladrão chamado Tsubute-viaja para a vila de Yagyu. E com dois clãs demoníacos agora caçando Shigure, Dakuan deve voltar a adquirir os serviços de Jubei para proteger a Sacerdotisa da Luz.