Terceira Temporada de Digimon,os protagonistas são Takato Matsuda, Ruki Matsuno, e Lee Jenrya que são crianças que, por sorte, recebeu Digimon real, ao contrário das imaginárias no jogo de cartas que eles jogam. Cada uma das crianças, ou “Digimon Tamers”, têm os seus pontos de vista diferentes sobre como Digimon deve ser tratada. Mas quando outros Digimon começam a aparecer ao redor do Japão, eles devem colocar de lado suas diferenças para afastar os invasores digitais; embora Yamaki, que é o chefe de uma organização secreta chamada Hypnos está tentando eliminar todos os Digimon-se.