Dezesseis anos atrás, um ninja mascarado desencadeou uma poderosa criatura conhecida como a Raposa de Nove Caudas na Aldeia da Folha, matando muitas pessoas. Em resposta, o líder da Aldeia da Folha, o quarto Hokage Minato Namikaze, e sua esposa Kushina Uzumaki, Minato sela a Raposa em seu filho recém-nascido. Com o Bijuu selado, as coisas continuaram como normal, exceto as personalidades dos personagens que são diferentes: Uma Hinata mais “assanhada” e um Sasuke ” garanhão” paquerando a Sakura e todas as outras garotas da aldeia. No entanto, nos dias de hoje, a paz termina quando um grupo de ninjas se auto-intitulando Akatsuki liderados por Pain atacam a aldeia, que tem a intenção de executar seu plano para governar o mundo, encobrindo-o em ilusões. Este filme faz as pessoas acreditarem que os pais de Naruto estão vivos e os de Sakura estão mortos. Ino , Shikamaru, Kiba, Kakashi, Gay entre outros tambem possuem personalidades diferentes.