O enredo passa-se na Inglaterra em 1999, que, ameaçada por criaturas sobrenaturais, é protegida pela Ordem Real dos Cavaleiros Protestantes, a Organização Hellsing. Fundada e comandada pela família Hellsing há mais de 100 anos, a organização secreta é especializada em combater seres das trevas. Liderada por Sir Integra Fairbrook Wingates Hellsing, dentre seus subordinados estão o mordomo e ex-combatente W C. Donez, a novata Ceras Victoria e o poderoso vampiro Alucard. Nesse cenário, um conflito entre os protestantes da Hellsing e os católicos da Seção XIII do Vaticano, adiciona-se o renascimento de um velho inimigo, o grupo Millennium, responsável pela criação artificial de vampiros que propagam por todo Reino Unido. A Millennium foi uma organização, formada por vários oficiais da SS (Schutzstaffel), a elite das tropas nazistas. Destinava-se à pesquisas envolvendo vampiros, para que estes fossem usados em batalhas pela Alemanha Nazista na 2ª Guerra Mundial.