Lain Iwakura, uma menina de quatorze anos desajeitada e introvertida, é uma das muitas meninas de sua escola a receber um e-mail perturbador de sua colega Chisa Yomoda - a mesma Chisa que recentemente se suicidou. Lain não tem nem o desejo nem a experiência de lidar com a tecnologia básica; no entanto, quando o tecnofóbico abre o e-mail, ele a leva diretamente ao Wired, um mundo virtual de redes de comunicação semelhante ao que conhecemos como internet. A vida de Lain é virada de cabeça para baixo quando ela começa a encontrar mistérios enigmáticos um após o outro. Homens estranhos chamados Homens de Preto começam a aparecer onde quer que ela vá, fazendo suas perguntas e de alguma forma sabendo mais sobre ela do que ela mesma sabe. Com as fronteiras entre realidade e ciberespaço se esvaindo rapidamente, Lain é mergulhado em eventos mais surreais e bizarros, onde identidade, consciência e percepção são conceitos que assumem novos significados. Escrito por Chiaki J. Konaka, cujos outros trabalhos incluem Texhnolyze, Serial Experiments Lain é uma série psicológica de mistério de vanguarda que segue Lain enquanto ela faz escolhas cruciais que afetarão o mundo real e os Wired. Ao fechar um mundo e abrir outro, apenas Lain perceberá o significado de sua presença.